马尔默盛极而衰，球队在90年代开始出现了大衰退，他们仅在1995/96赛季获得联赛亚军，而整个90年代，曾经的瑞典足坛霸主却没能夺得任何一项冠军锦标，马尔默最后更是在1998/99赛季惨遭降级。好在当时新星伊布开始崭露头角，他成为了马尔默得以在2000/01赛季重回瑞典超的功臣之一。同年，伊布被卖到了荷甲球队阿贾克斯，他也开启了后来的巨星之路，成为瑞典足坛历史上的最佳球员之一。

　　马尔默自重返瑞典超之后，就在00年代初开始了复兴，球队连续3个赛季打进联赛前三。他们最终在03/04赛季再次夺得联赛冠军，这亦是球队历史上第18次瑞典超冠军。

　　马尔默在00年代通过引入赞助商和出售年轻球员，在财政上获得了巨大的成功，并且成为了瑞典足坛最富有的俱乐部，并保持至今。2009年，马尔默更是搬进了专业的足球场Eleda Stadion，这里也成为了马尔默现在的主场。