在第一阶段后进入争冠组的球队以A1对B4，A2对B3，A3对B2，A4对B1分别对阵，共进行6场比赛决出2020年中超冠军。

　　中超第二阶段将会按照争冠组进行双回合淘汰赛，其中在第一阶段获得小组第一的，就会自动对阵另外一组的争冠组的第四名。以A1对B4，A2对B3，A3对B2，A4对B1分别对阵，后决出最后的冠军。

　　所以结束第一阶段比赛之后，争冠的每支球队只需要再通过6场比赛就可以决出冠军。同理，保级组也是如此，第一阶段两组的5-8名进入到保级组，然后按照A5对B8、A6对B7这样的对阵决出2020中超9-16的排名。由于本赛季中超只是降级1.5个名额，所以中超第16名铁定降级之外，中超第15名还需要和中甲的亚军进行一场附加赛。

　　目前中超第二阶段比赛时间基本确定为10月16日开打，球队将会在10月12日抵达赛区。足协杯比赛中超球队的第一轮比赛将会在第一阶段联赛中穿插进行，因此第一阶段联赛的最后三轮比赛时间也会进行微调。